Un décret (n°2020-545) du 11 mai autorise les médecins du travail à prescrire des arrêts dès lors que ceux-ci sont en lien avec la pandémie. Ces prescriptions concerneront des « personnes atteintes ou suspectées d’infection au Covid-19, ou faisant l’objet de mesures d’isolement, d’éviction ou de maintien à domicile ». Contrairement à ce qu’évoquait une ordonnance publiée en avril, les médecins du travail ne pourront pas effectuer de tests. Le ministère du Travail expliquait alors qu’il s’agissait « d’associer les services de santé au travail à une politique de tests plus massifs dans une perspective de sortie du confinement ». Dans son « protocole de déconfinement », le ministère indiquait que la généralisation des tests ou la prise de température n’étaient pas recommandées sans pour autant les exclure totalement, précisant que « leur usage, possible au cas par cas, doit obéir à des circonstances précises et être encadré par un certain nombre de principes et pratiques ». Le même document indiquait aussi que « les campagnes de dépistage organisées par les entreprises pour leurs salariés ne sont pas autorisées » (p. 14). Les services de santé au travail, dont les effectifs se montent à 12 000 personnes selon les chiffres du ministère du Travail, vont se concentrer sur les « messages de prévention » et sur l’application des guides de bonnes pratiques diffusés par le ministère à destination des métiers et des branches professionnelles. L’ordonnance publiée en avril indiquait par ailleurs que les médecins du travail pourraient « suspendre certaines visites médicales obligatoires » et « privilégier les visites d’embauche et celles des personnes affectées à des postes à risque ».