Jeune préfet – il a été élevé à ce rang en juin 2009, à moins de 50 ans – Jean-Luc Nevache n’a pas une grande connaissance du ministère des Affaires sociales et de la Santé. Sa seule incursion dans ce grand ministère se résume au poste de directeur de l’agence régionale de l’hospitalisation de Guadeloupe, qu’il a occupé d’avril 1999 à août 2001. Mais c’est d’abord pour son CV en préfectorale et dans les cabinets ministériels qu’il a été choisi par Marisol Touraine pour devenir son directeur de cabinet. Depuis le début de sa carrière, Jean-Luc Nevache n’a cessé de naviguer entre ces deux univers.
À peine titularisé en tant qu’attaché d’administration centrale, ce diplômé de l’Institut d’études politiques de Grenoble entre en 1985 au cabinet de Laurent Fabius, alors Premier ministre, puis au secrétariat général du gouvernement, comme chargé de mission. Admis en 1988 au concours pour le recrutement exceptionnel de sous-préfet, il est nommé directeur de cabinet du préfet de la région Corse et de la Corse-du-Sud. Il passe ensuite au service du préfet de Saône-et-Loire.
En 1992, il est appelé au cabinet de Philippe Marchand, puis de Paul Quilès, ministres de l’Intérieur. Suit une succession d’affectations à des postes de conseiller en cabinet ministériel ou de secrétaire général de préfecture qui atteste de ses qualités d’organisateur. Tout comme sa dernière affectation en tant que délégué à la sécurité et à la circulation routières. C’est par la grande porte qu’il revient en cabinet ministériel.