Si l'employeur veut rompre le contrat de travail d'un salarié protégé, il doit obtenir l'autorisation de l'inspecteur du travail, qui contrôlera le respect de la procédure et la réalité du motif, et examinera si la mesure envisagée est en rapport avec le mandat. Si le licenciement est pour motif économique, l'inspecteur du travail vérifiera aussi les possibilités de reclassement, ce qui concerne tous les licenciements économiques.

Si le licenciement est pour motif personnel, il faut distinguer ceux pour cause disciplinaire, qui obéissent aux règles «habituelles» (faute d'une certaine gravité) et ceux qui sont personnels, mais non disciplinaires. Pour ces derniers, il existe certaines spécificités qui ne concernent que les salariés protégés. En effet, qu'il s'agisse du licenciement pour insuffisance professionnelle, pour absence prolongée ou pour absences répétées liées à la maladie, ou encore pour inaptitude physique, l'inspecteur du travail impose à l'employeur de rechercher préalablement un reclassement. S'il est normal de le faire avant de licencier un salarié dont le médecin du travail a constaté l'inaptitude physique, cette obligation existant pour tout salarié (protégé ou non), cette exigence peut surprendre dans les deux autres cas, insuffisance professionnelle et absences pour maladie. Dans ces deux situations, aucun texte de loi n'impose, en effet, la recherche d'un reclassement. Il s'agit d'une exigence de la jurisprudence administrative, comme l'a rappelé récemment une réponse ministérielle (JO, Ass. nat. Q. 31 mars 2009, p. 3145). Se référant, notamment, à un arrêt du Conseil d'Etat du 27 septembre 1989, le ministre constate que, malgré l'absence de texte prévoyant l'obligation de reclassement du salarié dont l'insuffisance professionnelle a été constatée, la jurisprudence l'impose ; et l'inspecteur du travail et, le cas échéant, le ministre, sont tenus de refuser l'autorisation sollicitée en l'absence de recherche de reclassement. Ce qui vaut aussi pour le licenciement pour absence liée à la maladie.