Si le nombre d'heures supplémentaires effectué n'est pas, malgré la loi Tepa du 21 août 2007, en sensible augmentation, il n'empêche que les employeurs sont nombreux à en payer. En pratique, ils calculent les majorations par rapport au taux horaire habituel, mais cela peut être parfois contesté par le salarié.

Selon la jurisprudence, le salaire servant de base au calcul des heures supplémentaires est celui qui est versé en contrepartie directe du travail fourni par le salarié. C'est ainsi que les primes non individualisées comme la prime d'ancienneté (qui dépend de la présence et non du travail) ou les primes annuelles ne sont pas prises en compte.

En revanche, il faut prendre en compte les primes liées aux conditions de travail (celles d'insalubrité, du travail le dimanche, de jours fériés, etc.) ou celles qui dépendent du travail personnel (prime de qualité). Ainsi, les commissions liées aux ventes du salarié sont incluses ; par conséquent, la base de calcul des majorations pour heures supplémentaires peut varier de façon très sensible d'un mois sur l'autre.

Concernant les primes de rendement ou de productivité, il n'est pas toujours simple de savoir s'il faut ou non les inclure dans l'assiette servant de base au calcul. La règle dégagée par la jurisprudence est la suivante : si la prime est calculée par rapport au travail du salarié ou d'un groupe de salariés, il faut la prendre en compte. A contrario, si elle dépend de la productivité de l'entreprise, elle est exclue de la base. Il n'est pas toujours simple de fixer la ligne de partage : une prime d'objectif non liée au rendement individuel n'est pas prise en compte (Cass. soc. 29/05/1986), pas plus qu'une prime de production liée à l'ensemble de la productivité de l'entreprise (Cass. soc. 12/03/1987), tandis que la prime de production, « qualifiée par le manuel de calcul de salaire supplémentaire », étant fonction de la production d'un groupe d'ouvriers, doit être incluse dans le salaire servant de base aux majorations pour heures supplémentaires (Cass. soc. 29/10/2007, n° 06-42.426). On ne peut que conseiller, compte tenu des enjeux financiers, de vérifier la base de calcul des heures payées et aussi de fixer par écrit les règles de calcul des primes de productivité.