La modulation permet de calculer la durée du travail sur l'année, les périodes de haute et de basse activité se compensant entre elles et les heures supplémentaires se calculant, en principe, au-delà de 1 607 heures par an. L'employeur doit comptabiliser les heures de travail des salariés soumis à la modulation, ce qui n'est pas sans poser de difficulté en cas d'absence maladie.
Quand une entreprise calcule la durée du travail sur l'année, en application d'un accord de modulation, elle doit remettre aux salariés, en fin de période ou lors de leur départ de l'entreprise, un document indiquant le total des heures de travail effectuées depuis le début de la période.
Pour remplir ce document, en cas d'absence, deux méthodes sont possibles : soit l'employeur valorise les périodes d'absence sur la base de l'horaire moyen de 35 heures, soit il se réfère à l'horaire de travail réel pendant l'absence.
En 1994, la jurisprudence s'est prononcée en faveur de l'horaire moyen pour calculer le salaire en cas de maladie. L'affaire jugée concernait une entreprise dont la durée moyenne de travail était de 38 heures, mais, pendant la période d'absence du salarié, elle était de 40 heures En calculant le maintien de salaire sur la base de 38 heures, le salarié était donc privé du paiement d'heures supplémentaires. La Cour de cassation pose le principe selon lequel le maintien de salaire se calcule sur la base du salaire lissé, sans se référer à l'horaire de travail de la période d'absence. Ainsi, actuellement, que le salarié soit absent en période haute ou basse activité, le maintien de salaire se fera sur la base de 35 heures (ou durée inférieure prévue par l'accord).
La règle de l'horaire moyen n'a, en revanche, pas vocation à s'appliquer pour calculer le nombre d'heures de travail effectuées par le salarié pendant la période de référence, ce nombre devant figurer sur l'annexe au bulletin de paie. Dans une affaire jugée par la Cour de cassation le 9 janvier 2007 (n° 05-43.962), une entreprise avait décompté les heures d'absence du salarié sur la base moyenne de 35 heures, faisant abstraction de l'horaire réel de travail des autres salariés pendant la période en cause. De ce fait, le salarié absent pour maladie se trouvait débiteur de 29 heures pour l'année, tandis que les salariés présents étaient créditeurs de 38 heures, payées en heures supplémentaires. La Cour de cassation condamne cette méthode qui, si elle est apparemment neutre, constitue une mesure discriminatoire indirecte en raison de l'état de santé du salarié.
Il s'ensuit qu'il faut décompter les heures sur la base de l'horaire réel, mais il faut faire le complément de salaire sur la base de l'horaire moyen de 35 heures par semaine.
