Fin 2001, le Cipecma avait déjà obtenu une certification NF-Afnor pour ses activités de formation professionnelle continue. Il est désormais le premier organisme de formation professionnelle certifié en France par l'Afnor pour ses activités d'apprentissage. Les principales caractéristiques contrôlées et certifiées ont porté sur l'aide à la formulation de la demande de formation, les informations relatives à l'offre de formation, la gestion administrative et commerciale de la formation, la conception du produit pédagogique, l'organisation de la formation, sa réalisation et son évaluation.

Ce CFA a fait le choix de la norme NF parce qu'il a estimé qu'elle avait du sens dans le monde des métiers de la formation, et qu'elle se rapprochait d'un audit métier. Ce passage par la norme NF a eu des traductions immédiates dans le fonctionnement du Cipecma, notamment en matière de redécoupage de certains modules pédagogiques pour mieux concentrer les efforts d'apprentissage, et sur l'engagement à tenir 100 % des heures de cours prévues.