Si le salarié ne veut pas être réintégré, l'indemnisation dépend des circonstances du licenciement.

Dans le premier cas, licenciement sans autorisation, le salarié a droit à la rémunération qu'il aurait perçue depuis son éviction jusqu'à l'expiration de la période de protection : cette indemnisation est automatique et forfaitaire. Il peut aussi bénéficier des indemnités de rupture et de licenciement pour licenciement sans cause réelle et sérieuse (Cass. soc. 12/12/2001, SA Helliagon c/Robert).

Dans le second cas, licenciement dont l'autorisation est ensuite annulée, le salarié bénéficie d'une indemnisation correspondant au préjudice subi entre son licenciement et la fin du deuxième mois suivant la notification à l'employeur de la première décision d'annulation. L'indemnité n'est pas forfaitaire et dépend du préjudice réel subi par le salarié : ainsi, les allocations chômage qu'il a pu percevoir ne se cumulent pas avec l'indemnité. Le cumul est possible avec l'indemnité pour licenciement sans cause réelle et sérieuse s'il remplit les conditions pour en bénéficier.

Si le salarié opte pour la réintégration, il percevra les salaires dus entre le licenciement et la réintégration, que le licenciement ait été annulé ou prononcé sans autorisation. On a pu se demander, suite à un arrêt du 5 février 2002, traitant du cas d'un salarié dont l'autorisation avait été annulée, s'il ne devait pas aussi bénéficier d'une indemnisation supplémentaire : « Le salarié protégé, qu'il ait ou non demandé sa réintégration, peut prétendre au paiement des indemnités de rupture [...] ainsi qu'au paiement de l'indemnité prévue par l'article L. 122-14-4 (...). » Cela signifie-t-il qu'en présence d'une réintégration, les indemnités de rupture et de licenciement sans cause réelle et sérieuse sont dues ? Ce n'est pas certain, compte tenu de la rédaction de l'arrêt de la Cour de cassation.

Un nouvel arrêt du 30 avril 2002, rendu dans des circonstances analogues, est beaucoup plus clair : si le salarié opte pour la réintégration, il est indemnisé au titre du préjudice subi entre son licenciement et sa réintégration.

Il faut donc s'en tenir à cette dernière formulation et ne verser des indemnités de rupture que si le salarié ne demande pas sa réintégration.